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国税函[2010]79号明确转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
(一)法人转让股权存在的涉税风险
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令》第512号)第八十三条 企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
国税函[2010]79号明确转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。《国家税务总局关于企业所得税核定征收有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第27号)第二条规定：“依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税;若主营项目(业务)发生变化，应在当年汇算清缴时，按照变化后的主营项目(业务)重新确定适用的应税所得率计算征税。
基于以上税收法律的规定，法人转让股权协议中的税收风险主要体现在两点：
1、被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让从而使转让方股东多缴纳企业所得税。
2、核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，发生股权(股票)转让时，按照转让收入扣除股权(股票)投资成本作为应税收入额，使企业少缴纳料企业所得税。
(二)法人转让股权合同中的涉税风险控制
1、如果股东是企业或法人，在发生转让股权时，为了实现少缴纳企业所得税，则可以先将留存收益进行分配，降低净资产，再转让股权，从而降低转让所得，减少企业所得税。
2、依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税。
例如，A公司2015年1月-6月取得经营收入80万元，5月还取得股权转让收入20万元，对应的股权初始投资成本为15万元。A公司是采取核定征收企业所得税方式的企业，核定的应税所得率为10%.A公司申报企业所得税时：1.填写《企业所得税月(季)度和年度纳税申报表(B类)》;
2.将经营收入与股权转让收入之和100万元填入申报表第一行“收入总额”中，乘以应税所得率10%后得出应纳税所得额10万元填入第六行，应缴税款2.5万元填入申报表第十一行“应纳所得税额”的累计金额栏。
