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根据《行政诉讼法》第14条的规定，应由中级人民法院管辖的第一审案件主要包括：
1.确认发明专利权的案件、海关处理的案件
确认发明专利权的案件，是指公民、法人或者其他组织对国家专利局专利复审委员会驳回复审请求的决定不服;或者是对专利权被授予后，专利复审委员会根据他人请求，宣告被授予的发明专利权的无效决定不服;或者是其他请求人对宣告维持原授予的发明专利权的决定不服，而向人民法院提起行政诉讼的案件。涉及发明专利权的案件和海关处理的案件，都属于专业性和技术性很强的案件，由中级人民法院作为第一审更能保证办案的质量。
2.对国务院各部门或者省、自治区、直辖市人民政府所作的具体行政行为提起诉讼的案件
这类行政案件由中级人民法院作为第一审，主要是考虑这些行政机关处理的案件一般影响都比较大，涉及的问题也比较重要，政策性、专业性都比较强，由中级人民法院作为第一审，可以集中骨干力量，排除干扰，提高办案质量。
3.本辖区内重大、复杂的案件
民告官案件中，凡案件涉及面广、涉及多人多事多单位的案件，法律界限不明、争论较大的案件，外界干扰多、阻力大的案件，在社会上有重大反响、群众有强烈反映的案件，重大涉外案件等都属于重大、复杂案件，由中级人民法院作为第一审人民法院。
此外，中级人民法院作为第一审案件的上诉审法院，管辖基层人民法院的上诉行政案件。
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