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根据国家税务总局的《关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》，在股权转让出现问题，股权转让款被退还的情况下已纳税款是否应予以退还，需要根据合同是否履行完毕、股权是否完成工商变更登记、转让人是否收到过股权转让款这3大要素来进行判断：
1、若股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，则转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。
2、若股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据《个人所得税法》和《税收征管法》的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。
