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税制结构亦称“税制体系”。指税收制度中各税系、各税种、各税制要素之间相互组合、相互制约而构成的有机体系。它包括3个层次的内容：
(1)税制中不同税系或税类及其相互关系。
按征税对象分类可以将税收分为几个系列或类别，包括流转税系、所得税系、财产税系、资源税系和行为目的税系等。不同的税系在税制中具有不同的作用和地位，它们有主体和辅助之分，此将税类及其所包括的税种称为主体税种和辅助税种。主体税种的选择及其与辅助税种的组合关系称为税制模式，它是狭义的税制结构要领。
(2)同一税系内部或不同税系之间各个税种之间的组合关系。
同一税系内部各税种之间有主辅之分，有职责分工。如我国现行税制体系中，流转税系列包括增值税、消费税、营业税、关税等。其中增值税是主导性税种，从收入规模、征税范围、普遍调节等方面均看出其主导性地位，同时，它与消费税采用交叉征收制，有分工与衔接问题。
(3)税制要素的组合关系。
税制要素主要有纳税人、征税对象、税率、税目、纳税环节、纳税期限等。在同一税系内部，课税要素的选择会影响该税系的格局和功能配置。如旧流转税中，增值税与产品税税目不交叉，两税彼此独立造成职责分工不明确和功能不协调。1994年工商税制改革后，在工业生产环节实行增值税与消费税的交叉征收制，使增值税的普遍征收与消费税的选择性征收相配合，出现了新的功能配置。同时，在同一税种内不同税制要素的不同组合决定着各个具体税种的功能;同一税系或同一税种内部，税制要素的不同选择也影响该税系或税种的构成。
税制结构合理化是充分发挥税收职能的重要前提。由于决定税因素较多，如经济发展水平、税收职能范围、经济结构、经济运行机制等，都会不同程度地影响税制结构的选择;所以，建立合理的税制结构是税制建设的中心内容。1994年我国的工商税制改革就是一次全面性、结构性的税制改革，特别是以结构改革为重点。经过改革，初步形成了新的税制结构。即流转税系包括增值税、消费税、营业税;所得税企业所得税、外商投资企业和外国企业所得税、个人所得税;资源税系包括资源税和城镇土地使用税;特定目的税系包括固定资产投资方向调节税、城市维护建设税和土地增值税、财产行为税系包括房产税、城市房地税、车船使用税、车船使用牌照税、遗产税、印花税、证券交易税、屠宰税和筵席税。
