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税务稽查包含选案、实施稽查、审理、执行四个部分。
一、选案
确定税务稽查对象是税务稽查的重要环节。目前稽查选案分为：人工选案、计算机选案、举报、其他等
人工选案的基本方法是抽样。实施抽样又分为随机抽样和非随机抽样。在实行抽查选案时，一般都采用随机抽样法，它是按照概率规律抽取稽查对象的一种方法。
计算机选案的指标主要有以下几个方面：分行业生产经营指标平均增长值分析、分行业财务比率分析、企业常用财务指标分析、流转税类选案分析、企业所得税税前限制列支项目指标分析、进出口税收指标分析、税收管理指标分析等。
举报是税务机关发现案源最多的一种途径。
其他选案方法指：转办、交办等。
二、实施稽查
税务稽查实施阶段是税务稽查工作的核心和关键环节。税务稽查必须依照法律规定权限实施。税务稽查人员在实施稽查之前，除另有规定之外，应当提前以书面形式通知被查对象，向被查对象下达《税务稽查通知书》，并由收件人填写送达回证。税务人员在实施税务稽查时可以根据需要和法定程序采取询问、调取账簿资料、实地稽查、账外调查和异地协查等方式进行。税务稽查人员在税务查账时，应在《税务稽查底稿》上逐笔如实纪录稽查中发现的问题及所涉及的账户、记账凭证、金额等细节，全面反映此项稽查工作的情况。税务稽查实施终结，税务稽查人员应当认真整理检查资料，归集相关证据，计算补退税款，分析检查结果，提出处理意见，并根据立案查处、未经立案查处以及稽查中发现的问题等不同情况，决定实行一般工作程序或简易工作程序，并分别制作《税务稽查报告》、《税务处理决定书》或《税务稽查结论》。
三、审理
税务稽查审理，是税务稽查机构对其立案查处的各类税务违法案件在实施稽查完毕的基础上，由专门组织或人员核准案件实施、审查鉴别证据、分析认定案件性质，制作《审理报告》和《税务处理决定书》或《税务稽查结论》的活动过程。
税务稽查审理主要包括：1.违法事实是否清楚、证据是否确凿、数据是否准确、资料是否齐全。2.适用税收法律、法规、规章是否合法。3.是否符合法定程序。4.拟定的处理意见是否得当。
审理终结的处理有以下几种处理方法：1.同意《税务稽查报告》、2.补正《税务稽查报告》、3.不同意《税务稽查报告》、4.构成犯罪案件的处理——移送。
对税收违法行为的处罚应根据<税收征管法>及其实施细则以及<发票管理办法>的规定处理。
四、执行
随着税收法制建设的不断加强，纳税人的税收法制观念也在不断提高，税务稽查文书送达后，被查对象一般都能自动履行税务机关做出的法律文书所规定的义务——自动办理补报缴纳。逾期不履行的，税务机关将采取强制执行措施。
税务机关对税务违法行为处理完毕后，应制作执行报告并交审理部门整理存档。属于公民举报的案件，还应依照有关规定做好奖励举报人的事宜。
