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金税工程由4个子系统组成。它们是对增值税一般纳税人全面实施的防伪税控开票系统，税务部门建立的发票认证系统，计算机稽核子系统和发票协查子系统。在4个子系统的联合作用下，通过覆盖全国的计算机网络实现税务机关对企业开具增值税发票和纳税状况的严密监控。
1、防伪税控开票子系统
是运用数字密码和电子信息存贮技术，通过强化增值税专用发票的防伪功能，监控企业的企业的销售收入，解决销项发票信息真实性问题的计算机管理系统。该系统适用于增值税一般纳税人。
2、防伪税控认证子系统
可以对增值税一般纳税人申请抵扣的增值税专用发票抵扣联进行解密还原认证，及时发现假票，并解决进项发票的信息真实性问题。
3、计算机稽核子系统
主要是进行发票信息交叉稽核和申报信息稽核。该系统可以及时发现购货方已申报抵扣但销货方未申报抵扣的增值税发票，并动态监测企业纳税情况。
4、发票协查子系统
可以对有疑问的发票或是已证实属虚开的增值税专用发票，进行调查处理。国家税务总局可以通过该系统对协查工作进行监督和管理，提高增值税专用发票协查速度和恢复率，确保查处工作的质量。
以上4个系统相互配合运行的简易流程如下：销货企业利用防伪开票子系统开出发票(计算机打印)，计算机自动产生发票存根联，在打印发票的同时，将发票上的主要数据(发票代码、发票号码等)进行加密，形成一组密码，并自动打印在发票上，销货企业将发票的发票联、抵扣联交给购货企业。
购货企业将发票抵扣联交给税务部门进行防伪认证(使用扫描仪将发票图案扫描到计算机中，由智能软件识别出发票密码，再由密码系统将密码还原成参与加密的数据，并与发票票面信息数据一一对比，结果一致的是真票)，认证结果证明发票抵扣联有问题的，税务部门将抵扣联交给协查子系统，进行调查;如果认证结果证明是真票的，税务部门将抵扣联交至稽核系统，由稽核系统将抵扣联和防伪开票系统中自动生成的存根联进行对照，看是否一致，如果一致，则购货企业可以凭票抵扣税款，如果不一致，则不允许抵扣，并由稽核子系统将发票抵扣联交至协查子系统进行调查。
