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企业所得税法及其实施条例规定，非居民企业有来源于中国境内的所得，需要按照我国税法规定缴纳企业所得税。来源于中国境内所得，包括销售货物所得、提供劳务所得、转让财产所得、股息红利等权益性投资所得、利息所得、租金所得、特许权使用费所得、接受捐赠所得和其他所得。其中的转让财产所得在境内、境外划分上规定，不动产转让所得按照不动产所在地确定，动产转让所得按照转让动产的企业或者机构、场所所在地确定，权益性投资资产转让所得按照被投资企业所在地确定。因此，非居民企业来源于中国境内被投资企业的股权所得，应按规定缴纳企业所得税。
转让所得适用10%的税率
企业所得税法第四条第二项规定，非居民企业取得本法第三条第三项规定的所得(来源于中国境内的所得)，适用税率为20%.企业所得税法实施条例第九十一条规定，非居民企业取得的企业所得税法第三条第三项规定的所得，减按10%的税率征收企业所得税。
比如，国内某外商独资企业股东由香港一家公司投资1000万元设立，该香港公司2011年将该外资企业股权转让，取得转让收入2800万元，股权转让所得为1800万元，该项所得需要在我国按10%的税率缴纳企业所得税180万元。
转让股权不得扣除税后留存收益
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函[2009]698号)第三条规定，股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被投资企业有未能分配的利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
如上例，国内某外商独资企业由香港一家公司投资1000万元设立。该香港公司2011年将该外资企业股权转让，取得转让收入2800万元。至转让时，该外资企业有盈余公积未分配利润等留存收益1500万元。计算股权转让收入为2800万元，股权成本为1000万元，转让所得为1800万元，该项所得需要在我国缴纳企业所得税180万元。在这1800万元的所得中，留存收益1500万元不能视为股息、红利所得，不能按5%的税率(内地与香港税收协定税率)计算企业所得税，另300万元应视为股权转让所得，按10%的税率计算企业所得税。
按购买股权时的币种计算转让所得
国税函[2009]698号文件第四条规定，在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权转让成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价。多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
比如，国内某外商独资企业为美国一家公司投资100万美元约合人民币800万元设立。2012年1月1日，该美国公司将该外资企业股权全部转让，取得转让收入人民币800万元(当日美元与人民币汇率为1∶6.4)。计算股权转让所得收入为125万美元(800/6.4)，成本为100万美元，转让所得为25万美元，约合人民币160万元(25×6.4)，则应缴纳企业所得税为16万元。
非居民企业间接转让股权也要纳税
上例中，如果该美国公司不直接投资中国的外资企业，而是通过先在香港(或其他国家、地区)设立一家控股公司A，再以A公司名义投资我国境内外资企业B，则美国公司实际通过A公司间接控制B.如果美国公司转让A企业的股权，则属于间接转让B企业股权。
对于这种间接转让股权行为，国税函[2009]698号文件第六条规定，境外投资方(实际控制方)通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的，主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在。也就是说，税务机关可以按照经济实质，判定实际是美国公司转让我国境内企业B公司股权，应按我国的税法规定缴纳企业所得税。
