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生产企业免抵退税的会计核算，根据业务流程主要可分：免税出口销售收入的核算、不予抵扣税额的核算、应交税费的核算、进料加工不予抵扣税额抵减额的核算、出口免抵税额和应退税额的核算，以及免抵退税调整的核算。根据现行会计制度的规定，对出口货物免抵退税的核算，主要涉及到“应交税费——应交增值税”、“应交税费——未交增值税”、“应交税费——增值税检查调整”和“应收出口退税”。其中“应交税费——应交增值税”的借方有“进项税额”、“已交税金”、“减免税金”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“转出未交增值税”这5个专栏，贷方设有“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”、“转出多交增值税”这4个专栏。需要注意的是这些专栏核算时借贷方是固定的，增加用蓝字，减少用红字。在一般情况下，企业取得主管退税机关出具的《生产企业出口货物免抵退税审批通知书》后，根据上面注明的免抵税额、应退税额分别借记“应交税费——应交增值税(出口抵减内销产品应纳税额)”、“应收出口退税”，根据上面注明的免抵退税总额贷记“应交税费——应交增值税(出口退税)”。取得主管退税机关出具的《生产企业进料加工免税证明》、《生产企业进料加工免税核销证明》后，根据上面注明的“不予抵扣税额抵减额”，红字借记“主营业务成本”、贷记“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”。
实行“免、抵、退”办法的企业，购进用于加工出口货物的材料价款、运杂费等借记“材料采购”科目，按增值税专用发票上注明的进项税额借记“应交税费——应交增值税(进项税额)”科目，按照应付或实际支付的金额贷记“应付账款”、“应付票据”、“银行存款”等科目。对可抵扣的运费金额按7%计算的进项税额，借记“应交税费——应交增值税(进项税额)”科目，贷记“材料采购”科目。
加工货物出口销售后，结转主营业务成本时，借记“主营业务成本”科目，贷记“产成品”科目;企业按规定的增值税征收率与退税率之差计算的出口货物不得免征和抵扣税额，借记“主营业务成本”科目，贷记“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”科目;用全部进项税额中剔除出口货物不得免征和抵扣税额后的余额去抵减内销货物的销项税额，即为当期应纳税额或当期留抵税额。月末对当期应纳税额，借记“应交税费——转出未交增值税”科目，货记“应交税费——未交增值税”;申报入库时借记“应交税费——未交增值税”，货记“银行存款”科目。
对按规定计算出的当期应退税额借记“应收出口退税”科目，当期免抵税额借记“应交税费——应交增值税(出口抵减内销应纳税额)”科目，按当期计算的免抵退税额贷记“应交税费——应交增值税(出口退税)”科目，此项会计处理一般是在取得主管退税机关出具的《生产企业免抵退税审批通知单》后做。
收到税务机关退回的增值税税额借记“银行存款”科目，贷记“应收出口退税”科目。
生产企业已办理退税和免抵税的出口货物发生退关、退货的，应及时到其所在地主管出口退税的税务机关申请办理《出口货物退运已办结税务证明》，交纳已退的税款，调整已免抵税额。并做相反的会计分录冲减销售收入和销售成本，调整“不得免征和抵扣税额”。
