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对企业作废、重新开具、申请开具红字增值税专用发票的具体情形，《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知<增值税专用发票使用规定>》(国税发[2006]156号)、《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》(国税发[2007]18号)和国家税务总局《关于纳税人折扣折让行为开具红字增值税专用发票问题的通知》(国税函[2006]1279号)三个文件有明确的规定，笔者归纳如下：
一、应当作废的情形
一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。
同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
(一)收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月;
(二)销售方未抄税并且未记账;
(三)购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
本规定所称抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文。
本规定所称认证，是税务机关通过防伪税控系统对专用发票所列数据的识别、确认。
二、重新开具情形
增值税专用发票经认证，有下列情形之一的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关退还原件，购买方可要求销售方重新开具专用发票。
(一)无法认证。
本规定所称无法认证，是指专用发票所列密文或者明文不能辨认，无法产生认证结果。
(二)纳税人识别号认证不符。
本规定所称纳税人识别号认证不符，是指专用发票所列购买方纳税人识别号有误。
(三)专用发票代码、号码认证不符。
本规定所称专用发票代码、号码认证不符，是指专用发票所列密文解译后与明文的代码或者号码不一致。
三、开具红字增值税专用发票的情形
红字增值税专用发票数据是销售方申报应税货物销售额和销项税额的抵减依据，企业在什么情况下可以申请开具红字专用发票以及如何开具红字专用发票?
(一)可以申请开具红字专用发票的情形
1、一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》，《通知单》应与《申请单》一一对应。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《通知单》一一对应。
2、纳税人销售货物并向购买方开具增值税专用发票后，由于购货方在一定时期内累计购买货物达到一定数量，或者由于市场价格下降等原因，销货方给予购货方相应的价格优惠或补偿等折扣、折让行为，销货方可按现行《增值税专用发票使用规定》的有关规定开具红字增值税专用发票。
3、税务机关为小规模纳税人代开专用发票需要开具红字专用发票的，比照一般纳税人开具红字专用发票的处理办法，通知单第二联交代开税务机关。
(二)视不同情况分别按以下办法处理：
1、因专用发票抵扣联、发票联均无法认证的，由购买方填报《开具红字增值税专用发票申请单》(以下简称申请单)，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具《开具红字增值税专用发票通知单》(以下简称通知单)。购买方不作进项税额转出处理。
2、购买方所购货物不属于增值税扣税项目范围，取得的专用发票未经认证的，由购买方填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具通知单。购买方不作进项税额转出处理。
3、因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。
4、因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的，销售方须在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。
5、发生销货退回或销售折让的，除按照《通知》的规定进行处理外，销售方还应在开具红字专用发票后将该笔业务的相应记账凭证复印件报送主管税务机关备案。
