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最大的区别是：增值税专用发票可以进行认证抵扣，但普通发票就不可以。
发票，是指在购销商品，提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款项凭证。现行税制发票分为(普通发票)和(增值税专用发票)两大类.
普通发票是指增值税专用发票以外的纳税人使用的其他发票。
增值税专用发票只有增值税一般纳税人和机关为增值税小规模纳税人代开时使用。纳税人要从事正常的生产经营活动，一方面要向收款方索取发票，同时也要向付款方开具发票。特别是增值税制实行凭票抵扣税款制度，发票已不仅仅是商事凭证，也是税款缴纳和抵扣的凭证。
增值税发票也是发票的一种，具有增值税一般纳税人资格的企业都可以到主管国税部门申请领购增值税发票，并通过防伪税控系统开具.具有增值税一般纳税人资格的企业可以凭增值税发票抵扣增值税。
增值税专用发票是我国为了推行新的增值税制度而使用的新型发票，与日常经营过程中所使用的普通发票相比，有如下区别：
1.发票的印制要求不同：根据新的《税收征管法》第二十二条规定："增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制;其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票.
2.发票使用的主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开;普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
3.发票的内容不同：增值税专用发票除了具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
4.发票的联次不同："增值税专用发票有四个联次和七个联次两种，第一联为存根联(用于留存备查)，第二联为发票联(用于购买方记账)，第三联为抵扣联(用作购买方扣税凭证)，第四联为记账联(用于销售方记账)，七联次的其他三联为备用联，分别作为企业出门证、检查和仓库留存用;普通发票则只有三联，第一联为存根联，第二联为发票联，第三联为记账联。
