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滞留发票一般是销货方对购货方开具增值税专用发票，而购货方由于种种原因在规定期限内(180日)未将专用发票认证及抵扣的增值税专用发票。增值税发票只要一经防伪税控系统开出，而购货方未去认证则该发票就没有对应的抵扣信息，就会造成滞留。那么，哪些原因导致了滞留发票的产生呢?滞留发票产生的原因主要包括：
1.属于购进免税货物用，专用发票不得认证;
2.属于购进非应税项目用，专用发票不得认证;
3.销货方未将专用发票交给购货方，造成存根联滞留;
4.购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，造成存根联滞留;
5.购货方在小规模纳税人期间取得对方开具的专用发票不能抵扣;
6.购货方发生走逃或注销。
对于上述问题，在实际操作中，各地税局会要求存在滞留发票的公司必须对滞留的原因加以说明，同时也会对存在疑点的公司进行现场检查。有些公司存在滞留发票，目的是想偷漏税，隐瞒销售收入同时隐瞒抵扣发票，使税负从表面上看与正常公司相符，这就造成很多该抵扣的发票不去税局抵扣，造成发票滞留。一般情况下，增值税专用票的税务管理很严格，税局一旦发现问题会予以追究。
那么，企业应如何正确处理滞留发票呢?
1、企业若取得不能抵扣的专用发票，一个途经是要销货方重新开具普通发票，另一个途经是把发票拿去认证抵扣，但同时做全额进项转出。
2、购货方购进属于免税货物用、非应税项目用，要求销货方开具普通发票。
3、购货方属于小规模纳税人期间，要求销货方开具普通发票。
4、购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，购货方要自我检讨一下管理流程，应在180日内尽快认证。
存根联滞留现象的几种情况
(一)“持票人”为一般纳税人购货方
1、取得政策性因素不得抵扣的进项增值税专用发票(如固定资产、免税货物或非应税项目使用等)，因不能抵扣进项税金，购货方未认证，直接入账，造成存根联滞留。
2、取得进项增值税专用发票超过180日认证期限，由于无法认证抵扣，直接入账，造成存根联滞留。
3、丢失进项增值税专用发票，购货方未采取补救措施进行认证，直接入账，造成自身税款抵扣损失，同时造成存根联滞留。
4、采用现金交易，帐外经营，进销商品均不入账，偷逃税款，进项增值税专用发票不认证，造成存根联滞留。
(二)“持票人”为小规模纳税人或非增值税纳税人购货方
1、增值税小规模纳税人或非增值税纳税人取得进项增值税专用发票，无法认证，造成存根联滞留。
2、采用现金交易，帐外经营，进销商品均不入账，偷逃税款，进项增值税专用发票不认证，造成存根联滞留。
(三)“持票人”为销货方
1、因退货或发票开具错误，购货方次月退回增值税专用发票，销货方开具红字(负数)专用发票信息，原蓝字(正数)专用发票形成存根联滞留。
2、因退货或发票开具错误，购货方退回增值税专用发票，销货方对收回的蓝字专用发票在防伪税控系统内未作作废处理或无法作废，仅在纸质专用发票上盖“作废”章，未开具红字专用发票冲减，而直接重新开具蓝字专用发票交购货方认证抵扣，造成原开具的蓝字专用发票形成存根联滞留。
3、丢失增值税专用发票(超过90日认证期)，销货方重新开具蓝字专用发票，交与购货方认证、抵扣，原开具的蓝字专用发票形成存根联滞留。
4、商(产)品自用，开具增值税专用发票记账(作收入、进费用)，未认证抵扣，造成存根联发票滞留。
5、销售人员将不需开票的销售，统一开给某一特定购货方(增值税专用发票留在自己手中)，以谋取私利或折扣(折让)，造成存根联发票滞留。
6、因收款等原因，销售人员未及时将增值税专用发票交与购货方，增值税专用发票已超过90日认证期限、无法认证抵扣，造成存根联发票滞留。
一、滞留票概念
滞留票分抵扣联滞留票和发票存根联滞留票两种。抵扣联滞留票反映抵扣联已进入稽核系统，而存根联未进入稽核系统的专用发票;存根联滞留票是指存根联已进入稽核系统，而抵扣联未进入稽核系统的专用发票。由于金税工程稽核系统发票存根联数据与认证系统发票抵扣联之间的比对，不能够完全一一对应，在稽核系统中长期滞留着大量得不到认证系统抵扣联数据比对的存根联数据，这样就形成了存根联滞留发票。深入分析增值税专用发票存根联滞留票的成因及对税收收入的影响，堵塞税收管理漏洞，防范不法纳税人利用滞留票平衡税负，掩盖搞帐外经营、隐匿销售收入偷逃增值税的行为，具有十分重要的意义。增值税专用发票滞留票是指存根联已抄报税，但对应的抵扣联未认证而在增值税专用发票稽核系统中形成的一种发票异常信息。滞留票问题形成的原因复杂多样，其发生的行业主要集中在商业零售业。
二、存根联滞留票的形成原因分析
存根联滞留发票形成的原因是多方面的。从大量的实践数据分析，主要有以下几个方面：(09年以前所写)
一是按照政策规定不允许抵扣进项税额。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，纳税人取得的六种情况下的购进货物的进项税不允许抵扣，如常见的购进固定资产、购进的货物用于职工福利。由于不能抵扣进项税，所以取得的增值税专用发票没有通过认证系统进行认证，形成了滞留票。
二是发生退货或销售折让，销货方开具红字专用发票。购货方将抵扣联、存根联退还给销货方，而销货方已将记帐联作帐务处理，同时开具了相同内容的红字专用发票。在这种情形下，销货方已报税，抵扣联已退回销货方，也形成滞留票。
三是纳税人主动放弃进项税发票抵扣权。部分企业在经营过程中为少缴税款，经常采取销售产品(商品)不记账的方式隐匿销售收入，如果将进项税额全部抵扣，那将会出现零负申报或低税负申报，极易被各级税务机关列为重点评估或稽查对象。另外，如果将购进货物进项会计核算，销售不记账，账面上存货等科目余额将非常大，必然为税务人员留下查账的线索。因此，企业一般采取“体外循环”的战术，将销售时不需开具增值税专用发票的购销业务，均不进行核算或单设一套帐核算。在公开帐薄中只核算一部分收入，然后根据配比原则确定进项税额。从账簿上，收入、成本、费用及税金等对应比例恰当，会计科目数字勾稽关系准确，没有异常，但实际上全部进行了按比例的压缩这种情况下，如果对企业的生产经营状况没有深入的了解，是较难发现的。
四是防伪税控企业开具电脑发票时，未对发票号码、购方税号、金额、税额等票面内容进行认真核实，导致发票错号开具或开具有误发票;当月作废发票未在微机上进行作废处理;未按规定开具负数发票，发票打印不清或错位;对销售对象划分不清，致使不应开具专用发票的情况开具了专用发票，如将发票开具给小规模纳税人。
五是防伪税控企业未按规定的时间和要求到税务机关进行抄报税，抄税过程由于误操作造成数据丢失或不应列入采集范围的普通发票采集到报税系统中，造成报税系统信息接收不全或接收到错误信息。
六是购货企业未将本单位相关信息及时、准确告知销方企业，取得的专用发票抵扣联未按规定的时间拿到税务机关认证，特别是不具备抵扣条件的抵扣联认证不及时或不送交税务机关认证。因为产品的重量、质量、价格等出现变化，销售方收回开具的专用发票抵扣联和发票联后，开具红字项发票冲减销售收入后按核实后的金额重新开具专用发票，这样就造成了原开具的专用发票因未认证而滞留。
七是增值税交叉稽核系统、认证系统、报税系统中一般纳税人档案信息采集不全，部分信息采集有误，企业发生变更、注销等事项时未在三系统中进行相应修改或修改不同步。
八是在认证报税过程中，操作人员的疏忽导致采集数据有误或漏采集。如将非一般纳税人取得的发票进行了认证，或将非防伪税控发票进行了认证，报税接收数据未和企业实际用票情况进行认真核对。
九是由于某些客观因素造成抵扣联超过90日(180日)认证期限未认证。未认证，也未抵扣，已作费用入帐。
十是纳税人在已取消一般纳税人资格或停止抵扣进项税额期间取得专用发票等情况，也会形成滞留票。
除以上原因外，还有不是该单位购进的货物，是别人冒用该单位的名称进的货物，所以取得的增值税专用发票不认证抵扣。
十一、购货方由于无力支付货款，销货方将货物发出并开具专用发票，但购货方不能及时支付货款，销货方未将已开具的发票交给购货方，因超期未认证形成滞留票。
十二、购货方企业业务员(或其他人员)以购货方企业名义购进货物，未经告知购货方企业私自将货物销售。
事实上，大部分稽核系统滞留的发票存根联数据是有问题的，相当多存根联滞留发票的背后都与账外经营有关。在目前防伪税控系统覆盖所有增值税一般纳税人，稽核、协查系统高效运行的情况下，与通过“假票抵扣”、“真票虚开”多抵扣税款的偷税手段相比，主动放弃进项发票抵扣权的新的偷税方式，更具有隐蔽性，更容易造成税款流失。
